大分子核酸：對于分子量較大的核酸，如大于 20kb 的 DNA 片段，通常選擇較低濃度的瓊脂糖凝膠，如 0.3% - 0.8%。低濃度凝膠的孔徑較大，有利于大分子核酸在電場中遷移，使其能夠更好地分離。

中等大小核酸：對于分子量在 1 - 20kb 之間的 DNA 或 RNA，常用 1% - 1.5% 的瓊脂糖凝膠。這種濃度的凝膠孔徑適中，能對中等大小的核酸片段進行有效分離，條帶清晰度較高。

小分子核酸：當分離小于 1kb 的 DNA 片段或 RNA 時，可選用 1.5% - 3% 的瓊脂糖凝膠，或者使用聚丙烯酰胺凝膠。聚丙烯酰胺凝膠的孔徑更小，分辨率更高，適合分離較小的核酸分子，能將相差幾個堿基的核酸片段區分開來。

分離鑒定：如果是為了分離和鑒定核酸樣品中的不同片段，需要根據核酸片段的大小范圍選擇能使各片段有效分離的凝膠濃度，以獲得清晰的條帶，便于觀察和分析。

回收核酸：若目的是從凝膠中回收特定的核酸片段，應選擇能使目的片段與其他雜質片段分離效果佳的凝膠濃度，同時要考慮凝膠的強度和韌性，以便于后續的切膠回收操作。一般來說，濃度適中的凝膠（如 1% - 1.5% 瓊脂糖凝膠）在回收較大片段時較為常用，而對于較小片段，可能需要更高濃度的凝膠或聚丙烯酰胺凝膠。

分辨率要求：如果實驗對核酸分離的分辨率要求較高，如需要區分長度相近的核酸片段，應選擇能夠提供更高分辨率的凝膠濃度和類型。例如，在進行基因分型或突變檢測時，通常會使用聚丙烯酰胺凝膠或高濃度的瓊脂糖凝膠。

電泳時間和效率：較低濃度的凝膠電泳時核酸遷移速度較快，所需時間較短，但分辨率可能較低；高濃度凝膠則相反，電泳時間較長，但分辨率較高。在實際操作中，需要根據實驗的時間限制和對結果的要求來平衡選擇。